Vùng Sừng châu Phi là một Khu bảo tồn đa dạng sinh học của UNESCO và là một trong hai vùng khô hạn trên thế giới được nhận vinh dự đó. Tuy nhiên, vùng này hiện vẫn đang đối diện với những mối đe dọa từ con người như việc nuôi gia súc chiếm hết các đồng cỏ của động vật hoang dã hay sự phát triển quá nhanh của cơ sở hạ tầng phục vụ các sinh hoạt của con người.

Hệ động vật

Người ta đã tìm thấy khoảng 220 loài động vật có vú ở vùng Sừng châu Phi. Trong số những loài đang bị đe dọa tuyệt chủng có một số loài linh dương như beira, dibatag, dikdik và speke. Những loài quý hiếm khác gồm có lợn lòi sa mạc, khỉ đầu chó Hamadryas, chuột nhảy lùn và chuột răng lược Speke, đều ở Somalia. Ngựa vằn Grevy là loại động vật đặc hữu của vùng này.

Một số loài chim quan trọng ở vùng Sừng châu Phi là chim sẻ Bulo Burti, chim sẻ cánh vàng, chim hồng tước Warsangli và gà gô Djibouti.

Vùng Sừng châu Phi có nhiều loài bò sát đặc hữu hơn ở bất cứ vùng nào của châu Phi, với hơn 285 loài khác nhau (trong đó có khoảng 90 loài đặc hữu). Trong số những loài bò sát đặc hữu, có loài rắn mối Haackgreerius, các loài tắc kè Haemodracon, Ditypophis, Pachycalamus và Aeluroglena. Một nửa trong số những loài đặc hữu này chỉ có thể tìm thấy ở Socotra. Không giống như bò sát, trong vùng không có nhiều loài lưỡng cư.

Có khoảng 100 loài cá nước ngọt ở vùng Sừng châu Phi, khoảng 10 loài là đặc hữu. Trong những loài đặc hữu, đáng chú ý nhất là loài cá ngạnh sống trong các hang động ở Somalia và loài cá hang Somalia.

Hệ thực vật

Ước tính có khoảng 500 loài cây có mặt ở vùng Sừng châu Phi, một nửa trong số đó là đặc hữu. Những loài đặc hữu nhiều nhất là ở Socotra và bắc Somalia. Vùng này có hai dòng thực vật đặc hữu: Barbeyaceae và Dirachmaceae. Trong những loài đáng chú ý nhất, có giống dưa chuột chỉ có thể tìm thấy ở Socotra (tên khoa học là Dendosicyos socotrana), loài cọ Bankoualé, loài cây quả hạch yeheb và cây hoa anh thảo Somalia.